Gejalanya bervariasi sangat luas dan bergantung pada penyakit spesifiknya, di antaranya pusing, lemah badan, perasaan sakit, dan demam tidak begitu tinggi. Beberapa gangguan autoimun memengaruhi jenis tertentu jaringan di seluruh badan, misalnya pembuluh darah, tulang rawan, atau kulit. Gangguan autoimun lainnya memengaruhi organ khusus seperti ginjal, paru-paru, jantung, dan otak. Hasil dari peradangan dan kerusakan jaringan bisa menyebabkan rasa sakit, merusak bentuk sendi, kelemahan, penyakit kuning, gatal, kesukaran pernapasan, penumpukan cairan (edema), demam, bahkan kematian.
Tujuan pengobatan adalah mengurangi gejala, mengendalikan proses autoimun, dan mempertahankan kemampuan tubuh untuk menghadapi penyakit. Pengobatan yang dipilih bergantung pada penyakit spesifik dan gejalanya. Beberapa pasien memerlukan suplemen untuk menggantikan hormon atau vitamin yang diperlukan karena kekurangan zat tersebut, seperti suplemen tiroid, vitamin, atau suntikan insulin. Apabila gangguan autoimun menyerang darah, kadang diperlukan transfusi darah. Obat yang diberikan untuk mengendalikan atau mengurangi respons autoimun, antara lain kortikosteroid (prednison) dan obat golongan nonsteroid seperti azathioprine, chlorambucil, cyclophosphamide, cyclosporine, mycophenolate, dan methotrexate, biasanya diberikan secara oral dan dalam jangka panjang. Obat ini menekan bukan hanya reaksi autoimun tetapi juga kemampuan badan untuk membela diri terhadap senyawa asing, termasuk mikro-jasad penyebab infeksi dan sel kanker.
Obat tertentu secara khusus membidik sel darah putih. Sel darah putih menolong pertahanan tubuh melawan infeksi tetapi juga berpartisipasi pada reaksi autoimun. Abatacept menghalangi pengaktifan salah satu sel darah putih (sel T) dan dipakai pada radang sendi rheumatoid. Selain pada radang sendi rheumatoid, obat ini juga efektif digunakan untuk berbagai gangguan autoimun lainnya. Obat lain yang ditujukan melawan sel darah putih sedang dikembangkan.