Museum ini didirikan oleh Pemerintah Belanda di bawah Gubernur-Jendral JCM Radermacher pada 24 April 1778.
Pada masa itu, di kawasan Eropa Tengah terjadi revolusi intelektual yaitu ketika orang mulai mengembangkan pemikiran ilmiah dan ilmu pengetahuan.Pada 1752 di Haarlem, Belanda, berdirilah De Hollandsche Maatschappij der Wetenschappen (Perkumpulan Ilmiah Belanda).
Hal inilah yang mendorong orang-orang Belanda di Batavia (Jakarta kala itu) untuk mendirikan organisasi sejenis.Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen adalah lembaga independen yang akhirnya didirikan untuk tujuan memajukan penelitian dalam bidang seni dan ilmu pengetahuan khususnya dalam bidang-bidang ilmu biologi, fisika, arkeologi, kesusastraan, etnologi dan sejarah.
Baca Juga: Bolehkah Katak, Anjing, dan Kera Menghina Kura-kura? Jawaban Soal Belajar Menyimak Jenjang 1 2 3 SD TVRIDalam perkembangannya, Radermacher, salah satu pendiri lembaga ini, kemudian menyumbang sebuah gedung yang bertempat di Jalan Kalibesar beserta dengan koleksi buku dan benda-benda budaya.