Oleh karena sifatnya yang biasanya jinak, kista endometriosis dapat ditangani dengan tepat sesuai dengan usia, gejala, dan tingkat keparahan penyakit.
Kista yang ukurannya kecil biasanya tidak memerlukan pengobatan.
Dokter biasanya hanya akan memberikan obat untuk menghambat ovulasi, mengatasi rasa sakit, dan menghambat pertumbuhan kista.
Namun apabila kista endometriosis sudah tidak merespons terapi obat, dokter takan merekomendasikan operasi untuk mengeluarkan cairan kista sampai pengangkatan seluruh kista.
Cara ini direkomendasikan untuk mencegah kista pecah dan menimbulkan penyakit yang semakin parah.