Abdul sendiri adalah akademisi. Ia melanjutkan ke jenjang pendidikan tinggi di Fakultas Tarbiyah IAIN Walisongo Semarang pada tahun 1991.
Lalu, ia melanjutkan studi ke School of Education, Flinders University of South Australia, pada tahun 1997; Short Course on Governance and Shariah the University of Birmingham tahun 2005; dan kuliah di Pascasarjana UIN Syarif Hidayatullah tahun 2008.
Ia juga dikukuhkan sebagai Guru Besar Bidang Pendidikan Agama Islam di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
Pengukuhan guru besar ke-1.050 tersebut dilaksanakan pada 2 September 2020.
Bahkan, ia juga menjadi pengajar di sana. Abdul Mu'ti terkenal mendalami soal pluralisme dan berbagai keilmuan mengenai Islam terkini.
Misalnya pada penelitian atau riset yang ditemukan di Google Scholar, banyak kajian mengenai konvergensi Muslim dan Kristen dalam pendidikan, kekerasan seksual di pesantren, pluralisme dalam pendidikan Muhammadiyah, yang pernah ia bahas.
Karena itu, di kancah internasional ia menjadi bagian dari anggota Dewan Indonesia dan Amerika Serikat pada Agama dan Pluralisme, dan masyarakat eksekutif Konferensi Asia Agama untuk Perdamaian.
Artikel ini telah tayang di Kompas.com dengan judul "Prabowo Tunjuk Sekum PP Muhammadiyah Abdul Mu'ti sebagai Menteri Pendidikan Dasar Menengah"