Antara lain penjara Besi, Batu, Kembang Kuning, Narkotika, Permisan, Pasir Putih dan Terbuka, yang terpisah satu sama lain.
Setiap kompleks dijaga ketat dan dibagi menjadi beberapa blok terpisah dengan dinding dan pagar tinggi.
Kebanyakan narapidana di pulau itu menjalani hukuman lebih dari lima tahun hingga hukuman mati.
Penjara ini juga terkenal akan eksekusi trio teroris terkenal yang bertanggung jawab atas bom Bali, Imam Samudra, Amrozi, dan Mukhlas pada tahun 2008.
Tempat eksekusi mungkin bisa dilakukan di beberapa wilayah sepi yang ada di pulau.
Baca Juga : Belum Resmi Lolos Menjadi Anggota Dewan, Instagram Mulan Jameela Justru Banjir Ucapan Selamat
Akan tetapi yang paling terkenal adalah situs Nirbaya dan Li-musbuntu.
Ada beberapa urutan untuk proses eksekusi para terpidana hukuman mati.
Para terpidana mati biasannya ditempatkan di ruang isolasi terlebih dahulu.
Sebelum memasuki sel isolasi, mereka akan diberitahu kapan mereka akan dieksekusi dan diminta untuk menentukan 'tiga permintaan terakhir'.