Akan tetapi, pada kenyataannya, sistem ini justru membawa bangsa Indonesia ke dalam keadaan yang tidak stabil. Kabinet-kabinet parlementer yang dibentuk gampang sekali dijatuhkan dengan mosi tidak percaya dari DPR. Sistem pemerintahan parlementer tidak berjalan lama.
Sistem tersebut berlaku mulai tanggal 14 November 1945 dan berakhir pada tanggal 27 Desember 1949.
Dalam rentang waktu itu, terjadi beberapa kali pergantian kabinet. Kabinet yang pertama dipimpin oleh Sutan Syahrir yang dilanjutkan dengan kabinet Syahrir II dan III.
Sewaktu bubarnya kabinet Syahrir III, sebagai akibat meruncingnya pertikaian antara Indonesia-Belanda, pemerintah membentuk Kabinet Presidensial kembali (27 Juni 1947–3 Juli 1947).
Namun atas desakan dari beberapa partai politik, Presiden Soekarno kembali membentuk Kabinet Parlementer, seperti berikut:
a. Kabinet Amir Syarifudin I: 3 Juli 1947-11 November 1947
b. Kabinet Amir Syarifudin II: 11 November 1947-29 Januari 1948
c. Kabinet Hatta I: 29 Januari 1948-4 Agustus 1949 d. Kabinet Darurat (Mr. Sjafruddin Prawiranegara): 19 Desember 1948-13 Juli 1949
e. Kabinet Hatta II: 4 Agustus 1949-20 Desember 1949
Kondisi pemerintahan tidak stabil karena kabinet yang dibentuk tidak bertahan lama serta rongrongan kolonial Belanda yang ingin kembali menjajah Indonesia.
Periode Negara Kesatuan Republik Indonesia berakhir seiring dengan hasil kesepakatan Konferensi Meja Bundar yang mengubah bentuk negara kita menjadi negara serikat pada tanggal 27 Desember 1949.