Gerakan-gerakan Separatis
Periode ini juga ditandai dengan munculnya gerakan-gerakan separatis dengan tujuan mendirikan negara baru yang memisahkan diri dari NKRI.
Adapun gerakan-gerakan tersebut di antaranya sebagai berikut.
a. Pemberontakan Partai Komunis Indonesia (PKI) Madiun 1948
Pemberontakan ini terjadi pada tanggal 18 September 1948 yang dipimpin oleh Muso.
Tujuan dari pemberontakan PKI Madiun adalah ingin mengganti dasar negara Pancasila dengan komunis serta ingin mendirikan Soviet Republik Indonesia.
Pemberontakan PKI Madiun melakukan aksinya dengan menguasai seluruh karesidenan Pati. PKI juga melakukan pembunuhan dan penculikan ini secara besar-besaran.
Pada tanggal 30 September 1948, pemberontakan PKI Madiun berhasil ditumpas oleh TNI yang dibantu oleh rakyat.
Di bawah pimpinan Kolonel Gatot Subroto (Panglima Divisi H Jawa Tengah bagian timur) dan Kolonel Sungkono (Panglima Divisi Jawa Timur) mengerahkan kekuatan TNI dan polisi untuk melakukan pengejaran dan pembersihan di daerah-daerah sehingga Muso dan Amir Syarifuddin berhasil ditembak mati.
b. Gerakan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia (DI/TII) di Daerah Jawa Barat
Pemberontakan DI/TII di Jawa Barat dipimpin oleh Sekarmadji Maridjan (SM) Kartosuwiryo yang memiliki cita-cita untuk mendirikan Negara Islam Indonesia.
Cita-citanya membentuk Negara Islam Indonesia (NII) diwujudkan melalui Proklamasi yang dikumAndangkan pada tanggal 7 Agustus 1949 di Desa Cisayong, Jawa Barat.
Untuk mengatasi pemberontakan yang dilakukan oleh Kartosuwiryo, Pasukan TNI dan rakyat menggunakan Operasi Pagar Betis di Gunung Geber.
Akhirnya, pada tanggal 4 Juni 1962 Kantosuwiryo berhasil ditangkap dan dijatuhi hukuman mati.